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利用加权基因共表达网络分析构建食管腺癌预后枢纽基因网络
陈超1, 童国俊, 张建斌, 沈亮, 何焕钟
湖州市中心医院麻醉科
摘要:
目的利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)构建食管腺癌预后枢纽基因网络,筛选与食管腺癌预后相关的枢纽基因。方法提取癌症和肿瘤基因图谱计划(TCGA)数据库中食管腺癌的标本数据,利用WGCNA匹配基因表达数据与临床预后数据,构建食管腺癌的基因共表达网络模块,并筛选出与预后最相关的模块和枢纽基因,再根据共表达权重系数大小在Cytoscape软件中进行可视化。结果共获得9例正常食管组织和78例食管腺癌的标本,其中男67例,女11例;年龄28.0~86.6[68.4(58.0,77.1)]岁;TNM分期:Ⅰ期10例,ⅡA期9例,ⅡB期16例,Ⅲ期33例,Ⅳ期10例。共筛选得到的多个模块中深蓝色模块与预后最相关,在深蓝色模块中识别出19个枢纽基因(PAQR8、MAMDC4、CEP44、SCRG1、UGT2B15、NUDT9、FOLH1、SFTPB、FBXO8、TENM1、CASR、NEB、SMIM19、SLC20A2、RNF170、SCN2A、GOLIM4、ICK、DNAH2),并构建了枢纽基因的共表达网络。其中基因间共表达权重系数最大的3对基因分别是FOLH1和SCRG1、FOLH1和UGT2B15、FOLH1和SFTB。结论利用WGCNA可识别与食管腺癌预后相关的枢纽基因,为食管腺癌的治疗提供新靶点。
关键词:  
DOI:10.12056/j.issn.1006-2785.2019.41.20.2019-1701
分类号:
基金项目:湖州市公益性研究项目(2018GY10);浙江省实验动物科技计划项目(2018C37090)
Abstract:
Key words: