摘要: |
目的利用癌症和肿瘤基因图谱(TCGA)和Oncomine数据库筛选前列腺癌(PCa)的关键基因。方法从TCGA数据库中下载PCa的RNA测序数据,包括PCa组织499例,癌旁正常组织52例。利用R软件筛选差异表达基因,采用DAVID、STRING数据库进行基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析并构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;利用Cytoscape软件筛选PPI网络中连接程度前10位Hub基因,采用Oncomine数据库获取Hub基因与PCa相关数据,通过Meta分析获取关键基因。结果最终筛选出PCa差异表达基因919个,其中表达上调基因424个,表达下调基因495个。GO分析显示,差异表达基因生物学过程主要富集于突触传递、细胞间信号传导、跨膜转运和细胞分化,细胞组成主要富集于细胞外空间、细胞外区域、质膜的组成部分和质膜,分子功能主要富集于序列特异性DNA结合、钙离子结合和结构分子活性;KEGG通路分析显示,差异表达基因主要富集于神经活性配体-受体相互作用、药物代谢-细胞色素P450和细胞色素P450代谢异种生物。PPI网络中前10位Hub基因分别是CDC20、CCNA2、BUB1B、HJURP、AURKB、TTK、KIF4A、MKI67、CENPA、NCAPH。最终筛选出PCa关键基因4个,分别是HJURP、KIF4A、CENPA、NCAPH。结论基于TCGA和Oncomine数据库获取Pca关键基因4个,包括HJURP、KIF4A、CENPA、NCAPH。 |
关键词: |
DOI:10.12056/j.issn.1006-2785.2020.42.24.2020-1015 |
分类号: |
基金项目:株洲市科技计划项目(2019-001) |
|
|
|
Abstract: |
|
Key words: |