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基于机器学习筛选慢性鼻窦炎相关诊断基因及其与免疫微环境的关系分析
王珍珍1, 黄琦, 黄钧涛, 沈毅, 邬振华
宁波市医疗中心李惠利医院耳鼻咽喉头颈外科
摘要:
目的通过机器学习筛选出慢性鼻窦炎相关的诊断基因,分析其与慢性鼻窦炎免疫微环境中炎性细胞浸润的相关性。方法从高通量基因表达数据库(GEO数据库)中获得慢性鼻窦炎相关基因芯片,选取有效训练集,使用R软件的“limma”程序包进行基因表达差异性分析,采用加权共表达分析进行相关基因筛选得到候选基因,通过3种算法得到慢性鼻窦炎相关诊断基因PLP1,采用ROC曲线评价PLP1在慢性鼻窦炎中的诊断价值,采用CIBERSORT算法分析慢性鼻窦炎的免疫微环境,对PLP1与免疫细胞浸润情况进行相关性分析。结果慢性鼻窦炎样本和正常对照样本之间检测到184个相关基因,这些相关基因参与白细胞游走、免疫反应的细胞激活等生物学过程。通过3种算法对相关基因进行筛选,取交集最终得出PLP1为慢性鼻窦炎相关诊断基因。PLP1基因在训练集(GSE23552)和验证集(GSE179265)均表现为下调,且差异有统计学意义(P<0.05)。ROC曲线显示,PLP1在训练集中的AUC为1.000,在验证集中的AUC为0.950。PLP1基因表达与多种免疫细胞浸润有相关性,PLP1表达量与嗜酸性粒细胞浸润的相关系数r=-0.7(P<0.001)。结论PLP1可作为慢性鼻窦炎相关诊断基因,其表达水平与嗜酸性粒细胞、M2巨噬细胞浸润情况呈负相关。
关键词:  
DOI:10.12056/j.issn.1006-2785.2024.46.5.2023-2019
分类号:
基金项目:浙江省医药卫生科技计划项目(2022KY295)
Abstract:
Key words: