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目的 采用生物信息学方法探讨肾透明细胞癌(KIRC)组织中烷烃羟化酶同源 5 基因(ALKBH5)mRNA 和蛋白
的表达及临床意义。 方法 下载 UCSC Xena 数据库和癌症基因组图谱(TCGA)数据库中 KIRC、乳头状肾细胞癌(KIRP)、嫌色
细胞癌(KICH)的转录组测序(RNAseq)数据、临床病理参数和总生存期数据,并下载基因型和基因表达量关联数据库(GTEx)
中对应的正常组织数据。比较 KIRC 组织及癌旁组织中 ALKBH5 mRNA 表达水平,分析 ALKBH5 mRNA 表达水平与不同临床
病理学指标的关系;绘制 ROC 曲线分析 ALKBH5 mRNA 表达水平对 KIRC 的诊断价值;利用阿拉巴马大学伯明翰分校癌症数
据分析数据库(UALCAN)分析 ALKBH5 蛋白表达水平与不同临床病理学指标的关系,比较 ALKBH5 mRNA 表达水平对患者
预后的影响;利用 LinkedOmics 数据库行基因富集分析 ALKBH5 在 KIRC 中可能参与的信号通路。 结果 与癌旁组织相比,
KIRC 组织中 ALKBH5 mRNA 和蛋白均显著高表达(均 P<0.05)。不同年龄、种族、病理分期、组织学分级、肿瘤发生部位
KIRC 患 者 组 织 中 ALKBH5 mRNA 表 达 水 平 比 较 ,差 异 均 无 统 计 学 意 义(均 P>0.05)。 女 性 KIRC 患 者 组 织 中 ALKBH5
mRNA 和蛋白表达水平均显著高于男性患者(均 P<0.05),A 亚型 KIRC 患者组织中 ALKBH5 mRNA 表达水平显著高于 B 亚
型患者(P<0.01)。酵母交换型转换/蔗糖不发酵(SWI/SNF)染色质重塑复合物突变组患者 ALKBH5 蛋白表达水平显著高于
SWI/SNF 复合物未突变组患者(P<0.01)。ROC 曲线分析显示,ALKBH5 mRNA 表达水平诊断 KIRC 的 AUC 为 0.813,显著高
于 KIRP(AUC=0.605)和 KICH(AUC=0.707)(均 P<0.05)。相较 ALKBH5 mRNA 低表达组,ALKBH5 mRNA 高表达组总生存
率显著升高(P<0.01);男性 KIRC 患者 ALKBH5 mRNA 表达水平与预后无关(P>0.05),而女性 KIRC 患者 ALKBH5 mRNA 高
表达组总生存率显著高于低表达组(P<0.05)。富集分析显示,ALKBH5 mRNA 表达相关的基因可能参与糖酵解、果糖和甘
露糖代谢、氨基酸生物合成等信号通路。 结论 ALKBH5 mRNA和蛋白表达水平在KIRC中具有较高的诊断、预后评估价值,可
能通过糖酵解信号通路发挥作用。ALKBH5 mRNA可能成为判定KIRC患者预后的分子标志物和新的治疗靶点。 |
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DOI:10.12056/j.issn.1006-2785.2023.45.19.2023-694 |
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基金项目:浙江省公益技术应用研究项目(LGF21H160029);浙江省医药卫生科技计划项目(2020RC141);台州市社会发展科技
计划项目(1901KY16) |
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