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基于生物信息学探讨GLDC对肾 透明细胞癌预后的影响
胡国帆 谭若柳 柯春玲 张成杰 罗远成 林汉胜 何京伟1
湛江,广东医科大学第一临床医学院
摘要:
目的 基于生物信息学和孟德尔随机化方法探索肾透明细胞癌(KIRC)发生和进展的相关关键基因,研究其潜在的 作用机制及预后价值。 方法 通过R语言分析来自基因表达综合(GEO)数据库的数据集GSE66272、GSE40435,获取与KIRC相 关的差异表达基因(DEGs),并进行功能富集和通路分析,利用全基因组关联研究(GWAS)数据库分析有关甘氨酸代谢通路暴露 和结局数据,通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)方法分析数据集GSE105261,并获得KIRC 转移显著模块,联合WGCNA 和 甘氨酸代谢相关基因分析并取交集基因,筛选出核心基因,并利用癌症基因组图谱(TCGA)数据库下载KIRC的转录组数据和临床 数据进行队列验证。利用GEO数据库、TCGA数据库、基因集癌症分析数据库和人类蛋白图谱数据库对关键基因进行生存预后分 析、免疫相关性分析、药物敏感性分析和免疫组化分析。 结果 经过筛选得到 315 个 DEGs(上调基因 140 个,下调基因 175 个), 与预后相关的关键基因为甘氨酸脱羧酶(GLDC),GLDC 基因富集分析主要与代谢途径相关;GLDC 在 KIRC 中低表达,而预后生 存分析表明 GLDC 高表达患者预后无进展生存期和总生存期显著更长,临床相关性分析表明 GLDC 与 KIRC 患者临床分期、肿瘤 原发病灶分期和淋巴结转移有关,独立预后分析表明 GLDC 在年龄、分级和分期上与 KIRC 患者预后相关;GLDC 基因肿瘤免疫浸 润分析提示其在 KIRC 中主要与静息自然杀伤细胞、激活肥大细胞和记忆 B 细胞相关,并通过药物敏感性分析表明达沙替尼和曲 美替尼与GLDC基因表达相关。 结论 GLDC基因与KIRC的预后密切相关,并通过异常的新陈代谢影响KIRC的发生和发展,具 有作为KIRC治疗靶点的潜力。
关键词:  
DOI:10.12056/j.issn.1006-2785.2025.47.7.2024-1165
分类号:
基金项目:阳江市科技计划项目(2022006)
Abstract:
Key words: