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基于生物信息学分析与验证慢性 自发性荨麻疹的免疫相关枢纽基因
朱鑫 梁兴龙1
广东医科大学茂名临床医学院(茂名市人民医院)皮肤科
摘要:
目的 采用生物信息学分析与实验验证,系统性筛选慢性自发性荨麻疹(CSU)的免疫相关枢纽基因,探讨其潜在的免 疫分子机制。 方法 从基因表达综合(GEO)数据库下载CSU微阵列数据集(GSE72540)。采用GEO2R在线分析工具筛选差异表 达基因(DEGs),并与免疫基因集取交集获得差异表达免疫基因(DEIGs)。随后对DEIGs进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百 科全书(KEGG)通路富集分析及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建。应用Cytoscape软件的CytoHubba插件筛选枢纽基因,并 收集11例CSU患者和9例健康对照者的血浆样本,通过实时荧光定量PCR检测关键基因mRNA表达水平并进行比较。 结果 共鉴 定出93个DEIGs。富集分析显示这些基因显著富集于白细胞迁移、细胞趋化性、细胞因子-细胞因子受体相互作用、白细胞介素(IL)- 17信号通路及核因子-κB信号通路等免疫相关过程。从PPI网络中筛选出6个枢纽基因,分别为CC趋化因子配体2(CCL2)、IL-1β、 分化簇86(CD86)、肿瘤坏死因子(TNF)、CXC趋化因子配体1(CXCL1)及前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)。临床验证表明,与健 康对照者比较,CSU患者血浆IL-1β、PTGS2 mRNA表达水平均上调(均P<0.05),CCL2、CD86、TNF、CXCL1 mRNA表达水平差异 均无统计学意义(均P>0.05)。 结论 IL-1β和PTGS2是CSU关键的免疫相关枢纽基因,可能通过调节复杂的炎症网络在CSU发 病中发挥重要作用。IL-1β和PTGS2有望成为CSU潜在的诊断生物标志物或治疗干预的新靶点。
关键词:  
DOI:
分类号:
基金项目:茂名市科技专项资金计划项目(2020KJZX015)
Abstract:
Key words: