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甲状腺乳头状癌保护基因单细胞 测序及孟德尔随机化分析
李群 王剑 周重昌 吴益栋 裘世杰 邬振华 沈志森1
宁波大学附属李惠利医院耳鼻咽喉头颈外科
摘要:
目的 基于单细胞转录组学(scRNA-seq)和两样本孟德尔随机化(MR)分析识别与甲状腺乳头状癌(PTC)发生相 关的保护基因,并探索其潜在的生物学功能及临床意义。 方法 从基因表达综合数据库下载PTC及邻近正常组织的scRNA-seq 数据,使用 R 软件进行差异表达基因(DEGs)分析,并构建细胞间的通讯网络。结合全基因组关联研究及表达数量性状位点 (eQTL)数据进行 MR 分析,探讨 DEGs 的 eQTL 与 PTC 之间的因果关系。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络并进行功能富 集,识别潜在的关键基因和信号通路。 结果 scRNA-seq 分析发现,PTC 的复杂肿瘤微环境主要由间质细胞、上皮细胞、CD34+ 造血干细胞、成纤维细胞、单核细胞等细胞群构成,CD34+ 造血干细胞群作为重要细胞群显著增强了与间质细胞、上皮细胞及成纤 维细胞之间的细胞通讯与信号传递。MR 分析提示,乳糖基神经酰胺 4-α-半乳糖基转移酶(A4GALT)、神经母细胞瘤抑瘤因子 1 (NBL1)和 3'-磷酸腺苷-5'-磷酸硫酸合成酶 2(PAPSS2)等 3 个保护基因与 PTC 密切相关,且不存在水平多效性。PPI 网络显示, 这些基因可能通过影响硫化合物代谢和硫酸化途径参与肿瘤发生。 结论 scRNA-seq联合MR分析共识别出A4GALT、NBL1和 PAPSS2等3个PTC保护基因。生物学功能分析提示硫化合物代谢途径可能是PTC的早期诊断和个性化治疗的新靶点。
关键词:  
DOI:
分类号:
基金项目:宁波市临床医学研究中心项目(2022L005);宁波市医疗卫生高端团队重大攻坚项目(2023030514)
Abstract:
Key words: