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基于RNA聚合酶Ⅱ相关基因集的 多组学整合分析结肠癌预后分子 亚型研究
王绪宁 张岳 庄同田 辛振龙 朱彦鹏 段福孝 王鑫宇 张成1
中国人民解放军北部战区总医院普通外科
摘要:
目的 通过基于RNA聚合酶(RNAP)Ⅱ相关基因集的多组学整合分析,确定结肠癌(CRC)预后分子亚型。 方法 利 用MSigDB、肿瘤全基因图谱、基因表达综合数据库下载数据集,确定CRC分子亚型以及聚类数目,采用生物信息学手段进行基因富 集、体细胞突变、免疫细胞浸润以及CRC患者含1A的核前体mRNA结构域的调控蛋白(RPRD1A)表达与预后关系的分析。以野生型 SW480 细胞为对照(对照组),经慢病毒质粒系统处理构建稳定过表达 RPRD1A 的 SW480 细胞(过表达组),经短发夹状双链 RNA 处理构建敲低 RPRD1A 的 SW480 细胞(敲低组),采用细胞计数试剂盒-8、细胞克隆形成实验分别检测细胞活力和克隆形成数 量。 结果 CRC预后分子亚型分析中最适宜的聚类数目为3。3个亚组间有24条信号通路存在明显差异;亚组中体细胞突变率最高 的基因是TP53、APC。3个亚组间体细胞突变模式存在一定的相似性和明显差异,免疫相关基因CD274、PDCD1、CTLA4、LMTK3、 PIM3、LAG3、TIGIT、IDO1、HAVCR2、TNFRSF4和RNAPⅡ相关基因RPRD1A、TP53、RPRD1B、POLR2J、FOXP3等表达均存在明显 差异。CRC组织中RPRD1A mRNA相对表达量明显高于配对的正常组织,且随着CRC分期的增加而呈下降趋势;RPRD1A高表达组 患者总体生存率明显高于RPRD1A低表达组。与对照组比较,过表达组RPRD1A mRNA相对表达量较高,细胞活力较低,细胞克隆形 成数量较少,差异均有统计学意义(均P<0.01)。与对照组比较,敲低组RPRD1A mRNA相对表达量较低,细胞活力较高,细胞克隆形 成数量较多,差异均有统计学意义(均P<0.05)。 结论 基于RNAPⅡ相关基因集确定CRC 3个分子亚组,各组间分子亚型存在明显 差异,且细胞实验证实RPRD1A能显著抑制CRC细胞增殖。
关键词:  
DOI:
分类号:
基金项目:辽宁省自然科学基金项目(2022-BS-040)
Abstract:
Key words: